Институт земной коры организован в феврале 1949 г. Распоряжением Совета Министров СССР за номером 1138-р от 1 февраля 1949 г., Президиума Академии наук СССР, Протокол номер 3, § 8 от 24 февраля 1949 г. С организацией Восточно-Сибирского филиала АН СССР в г. Иркутске появился Институт геологии Восточно-Сибирского филиала АН СССР, в 1957 г. был переименован в Восточно-Сибирский геологический институт СО АН СССР, с 1962 г.– Институт земной коры СО АН СССР, с 1992 г. – Институт земной коры СО РАН.
В своей деятельности НОЦ "ВШЭУиП ЗабГУ" ориентирована на инновационные подходы и принципы сетевого взаимодействия. Постоянными партнерами НОЦ "ВШЭУиП ЗабГУ" по проведению научных исследований, подготовке научных кадров являются: БГУ (Иркутск); ВСГУТиУ, БГУ и БНЦ СО РАН (Улан-Удэ); Сибирский Федеральный Университет и Сибирский государственный аэрокосмический университет (Красноярск); СПбГЭУ (С-Петербург); РГЭУ им Плеханова (Москва); Финансовый Университет при Правительстве РФ (Москва); ВГУ (Волгоград); и др.